Orang Bugis mula datang ke Tanah Melayu dengan jumlah yang besar pada awal kurun ke-18. Pihak Belanda tidak campur tangan dalam urusan orang Bugis dan membiarkan Kerajaan Johor-Riau jatuh ke tangan mereka. Hanya apabila orang Bugis mula memberi saingan yang hebat dalam perdagangan bijih timah, barulah pihak Belanda mengambil tindakan terhadap mereka.
Oleh yang demikian, pada tahun 1784 Belanda menawan Riau, pusat kerajaan tersebut dan menjadikan kerajaan Johor-Riau sebagai jajahan negara Belanda. Peperangan yang berlaku di antara Bugis dan Belanda dari tahun 1755 hingga tahun 1758 dan dari tahun 1783 hingga tahun 1784 bukan hanya melemahkan kuasa dan pengaruh Belanda di kawasan tersebut, malah telah menyebabkan kekayaan Syarikat Hindia Timur Belanda merosot. Walaupun Melaka masih lagi menarik perhatian para pedagang, Riau telah mengambil alih tempat sebagai pintu masuk ke Selat Melaka. Pihak Inggeris pula sudah mula tiba ke kawasan ini sebagai satu kuasa baru, terutamanya selepas peperangan keempat mereka dengan Belanda di antara tahun 1781 hingga tahun 1783. Mereka juga berjaya mempengaruhi beberapa pemerintah tempatan untuk menyebelahi mereka dan telah membuka sebuah pengkalan di Pulau Pinang pada tahun 1786.
Golongan Revolusi Perancis yang telah mengisytiharkan perang dengan Inggeris pada tahun 1793, telah diundang oleh Pergerakan Patriotik Revolusi Belanda yang dikenali sebagai “The Velvet Revolution” pada tahun 1795 untuk menyerang Raja Belanda, William V of Orange, yang meminta perlindungan Inggeris. Oleh kerana itu, seluruh jajahan Belanda di seberang laut terpaksa mengambil langkah untuk mempertahankan diri mereka sendiri tanpa bantuan daripada kerajaan pusat. Justeru, pihak Inggeris memutuskan untuk mengambil alih seluruh jajahan Belanda bagi mengelakkan mereka dirampas oleh pihak Perancis.
Pada 15 Ogos 1795, angkatan Inggeris telah tiba di Melaka dan mengambil alih kuasa dari tangan Gabenor Belanda, Abrahamus Couperus. Walaupun berlaku tentangan terhadap penyerahan Melaka kepada Inggeris, ianya tidak mengakibatkan sebarang pergeseran di antara mereka. Melaka terus ditadbir oleh pegawai Belanda di bawah pengawasan seorang Residen Inggeris.
Berdasarkan Perjanjian Vienna pada tahun 1814, Melaka telah dikembalikan kepada Belanda pada 21 September 1818, namun Melaka diserahkan semula kepada pihak Inggeris pada 17 Mac 1824 berikutan Perjanjian London. Perjanjian ini membolehkan kedua-dua kuasa barat ini menumpukan perhatian mereka kepada kawasan jajahan masing-masing.
Robohnya Kota Melaka
Pihak Inggeris di Pulau Pinang mengetahui bahawa Melaka perlu diserahkan kembali kepada Belanda apabila tamat perang. Namun, Inggeris enggan memulangkan Melaka kerana khuatir ianya akan mengganggu pembangunan penempatan baru mereka di Pulau Pinang. Oleh yang demikian, mereka bertindak merosakkan nama dan pengaruh Melaka dengan mengalihkan tumpuan perdagangan dari Melaka ke Pulau Pinang, merobohkan kubu dan kota Melaka serta memindahkan 15,000 orang penduduknya ke Pulau Pinang. Dengan cara ini, Melaka tidak lagi dapat menyaingi Pulau Pinang dari segi perdagangan apabila ia diserahkan semula kepada pihak Belanda. Seterusnya, jika terdapat keperluan untuk menyerang Melaka pada masa akan datang, tiada lagi kubu tersebut untuk menghalang mereka.
Gabenor Pulau Pinang telah mengarahkan Kapten William Farquhar untuk memusnahkan kubu Melaka pada tahun 1807 dan hampir keseluruhan kubu tersebut dimusnahkan pada tahun 1808. Walau bagaimanapun, Stamford Raffles, yang merupakan pembantu setiausaha negeri Pulau Pinang telah tiba di Melaka untuk bercuti. Setelah mendapat kebenaran daripada Lord Minto, Gabenor Jeneral India, beliau sempat menghentikan kerja-kerja merobohkan kubu Melaka serta pemindahan penduduk Melaka yang berterusan. Raffles mengagumi kota lama Melaka kerana beliau mempunyai minat yang mendalam terhadap sejarah, kebudayaan, bangsa dan bahasa Melayu. Beliau juga berjaya menyelamatkan pintu gerbang kubu Melaka dari diroboh dan ia masih kekal hingga ke hari ini. Usaha merobohkan kubu Melaka yang melibatkan beberapa ratus orang pekerja telah menelan belanja sebanyak 70,000 pound sterling.
Kemerosotan dan Kejatuhan Melaka
Ekonomi Melaka mula merosot di sekitar pertengahan zaman penjajahan Belanda, di mana Melaka hanya dijadikan sebuah gudang untuk Betawi. Penyerahan Melaka kepada Inggeris memburukkan lagi keadaan kerana polisi mereka pada waktu itu adalah untuk menjatuhkan Melaka agar ia tidak mampu bersaing dengan Pulau Pinang. Akan tetapi, apabila Melaka diserahkan kepada Inggeris buat kali kedua pada tahun 1824, pihak Inggeris cuba membangunkan kota tersebut namun usaha itu tidak begitu berjaya. Kawasan negeri Melaka menjadi semakin kecil dan pengeluaran sumber asli seperti emas dan bijih timah juga turut berkurangan. Kerajaan Inggeris telah menghadkan pembangunan Melaka dan penduduk tempatan pula tidak mempunyai sumber untuk mengekang kemerosotan ekonomi Melaka. Pelabuhan Melaka tidak lagi menjadi pilihan kapal-kapal dagang setelah kehilangan daya tarikannya.
Negeri-negeri Selat (1826)
Pada tahun 1826, Pulau Pinang termasuk Seberang Perai, Melaka dan Singapura telah digabungkan untuk membentuk Negeri-negeri Selat. Pulau Pinang, yang merupakan penempatan terawal Inggeris telah dijadikan sebagai pusat pentadbiran. Lama kelamaan, kepentingan Melaka semakin luput manakala Pulau Pinang pula semakin membangun. Namun begitu, kemajuan di Singapura juga telah meningkat dari segi jumlah penduduk dan perdagangan, lantas pusat pentadbiran dipindahkan ke Singapura pada tahun 1832. Negeri-negeri Selat berada di bawah penguasaan Gabenor Jeneral di Kalkatta. Walau bagaimanapun, pada tahun 1867, Negeri-negeri Selat diasingkan dari penguasaan Inggeris di India dan telah dijadikan sebuah Koloni Diraja secara langsung di bawah penguasaan Pejabat Tanah Jajahan di London.